那两个黄衫客见状并不惊讶，当即请施耐庵落座，他们自称其祖辈乃是春秋战国时鬼谷子门下，历代隐居于此山，有许多年不见外人了，而今有人误入山中，也是机缘难得，看来天下大变在即，合该兵家出世定乱，于是取出一捆竹简，告之施耐庵：“此乃兵家秘诀，分为形势、技巧、权谋三篇，内合阴阳术数，蕴涵天地形势变化，暗藏扭转乾坤之机，如能领悟其中一篇奥妙，当有九五之尊。”施耐庵忙说：“我一介布衣，从不敢有非分之想，只求能够辅佐贤明圣主，推翻元人****，以解天下苍生倒悬之苦。”那两个黄衫客闻言怪笑了几声，当场将竹简尽数相授，施耐庵再次拜倒叩谢，随后在灯下翻阅“兵家秘诀”，越看越是入迷，浑然忘却了身外之事。
蓦地里一阵山风将庙门推开，顿时寒意袭人，施耐庵周身打了个寒战，等他抬起头来，却不见了那些人的踪影，此时天色破晓，晨雾只见有一群长臂苍猿，正自穿林越涧而去，为首两头巨猿都是赤瞳黄背，空山沉寂，猿声转瞬间已在数里之外了。
施耐庵心中惊疑不定，站在破庙中茫然若失，还没回过神来，忽然脑后被人狠狠打了一记闷棍，当即昏倒在地，等醒来之后，发现脑袋上满是鲜血，“兵家秘诀”不翼而飞，而那个躲在泥胎中的少年乞丐，也早已不知所终。
施耐庵心知是那乞丐恩将仇报，趁己不备，盗走了竹简兵书，未成想世间竟有如此狼子野心之辈，不由得追悔莫及，却也无可奈何。
好在施耐庵已将“兵家秘诀”尽数记在脑中，当下匆匆忙忙离了荒山野岭，后来他怀抱宏远，投奔到农民起义军张士诚帐下，充为军中幕僚，谋划了许多攻城夺地的奇计妙策。却因张士诚居功自傲，独断专行，亲信佞臣，疏远忠良，施耐庵几次谏劝，张士诚都不予采纳，于是愤然离开平江，此后心灰意冷，浪迹江湖，许多年后他才知道，当初自己在深山里搭救的少年乞丐，正是大明朝的开国皇帝朱元璋。
原来濠州有个出身贫苦的朱元璋，幼时名为朱重八，靠给大户人家放猪放牛为生。元顺帝四年淮北蝗灾，赤地千里，百姓易子而食。十六岁的朱元璋孤苦无依，成了一个流落乡野的乞丐。
有一次朱元璋饿倒于深山，被救后不思报答，反而恩将仇报盗走了“兵家秘诀”，以为从此就能当上皇帝，可竹简上面字迹古朴，难以辨识，就揣在怀中，回到市上请人解读，不过文意深奥，朱元璋大字认不了几个，哪里读得明白？留下来既不当吃也不当穿，还不如换几个钱饱餐一顿，但他想到如今天下动荡，正值英雄豪杰建功立业之秋，大丈夫岂可不动一念，这“兵家秘诀”迟早会有用武之地，于是藏带在身，秘不示人。
此后朱元璋到黄觉寺出家当了和尚，每日带上木鱼、瓦钵，到处游方化缘，终于找机会投奔义军，并以战功连续升迁，逐渐形成了自己的势力，他听闻刘基刘伯温，有文经武纬之才，就想请其出山，共谋大业，为了表示诚意，不惜以部分“兵家秘诀”相授。
刘伯温深感其德，从此充为军师，追随左右，屡次献出奇谋良策，使义军取襄阳，收滁州，平芜湖，克太平，以摧枯拉朽之势，横扫长江两岸，诛灭张士诚、陈友谅，然后挥师北上，直取大都，将元顺帝逐回漠北，终于建立了不世之功。
朱元璋出身草莽，空以徒手夺取天下，从一介放牛童当上了开国的太祖皇帝，自然对那些用兵如神精通谋略的开国元勋深为忌惮，唯恐朝中有人起兵造反，所以刘伯温虽以大功，只封伯爵。但最使朱元璋感到不安的，还是当年救他的那位恩公，他十分后悔当初行凶时做贼心虚，手底下有些发软，致使留下了隐患。
朱元璋担心竹简兵书落入别人手中，早已将竹简付之一炬，可一想到世间还有某个人掌握着“兵家秘诀”，便寝食难安。但他并不知道施耐庵的身份姓名，时隔多年，也无法再按当年的形貌缉拿此人，于是暗中颁下密旨，命各地严加搜捕“兵家秘诀”的传人。
却说施耐庵浪迹天涯，多年隐居不出，因感时政衰败，作《江湖豪客传》寄托心意。不料此书被洪武皇帝看到，惹得龙颜大怒，认定是宣讲谋逆做乱之道，就勒令地方官员，将施耐庵问罪下狱。
施耐庵的门生罗贯中，早年间有志图王，也曾投奔张士诚及刘福通参加起义军，但未遇明主，都没能得到重用，只得遁隐江南，以撰写戏曲平话为生。在施耐庵下狱后，罗贯中求到刘伯温府上，望他念在旧日相识的份儿上设法相救。刘伯温当即上书请命，又劝施耐庵在狱中将《江湖豪客传》改为《忠义水浒传》，在八十回本之后另加四十回，专讲以宋江为首的草莽豪杰受了招安，报效朝廷，为国尽忠，才使得施耐庵免于一死。
施耐庵此时已经知道了朱元璋的身份，料想那洪武皇帝为人阴狠，又惯于猜忌，不愿像唐太宗一般与功臣同始同终，就算那些开过元勋们想要急流勇退，恐怕也难得善终，今后朝廷中必然还有一场血腥浩劫，但大局已定，他身为一介草民，终无回天之力，只把“兵家秘诀”转授给罗贯中，嘱咐他妥善收藏，万误失落，时移则事易，事易则备变，随后郁郁而终。
不出施耐庵所料，洪武皇帝果然开始大肆杀戮功臣，前后有四万多文臣武将遇害，军中为之一空，更不允许“兵家秘诀”留在世间。罗贯中暗恨朱元璋残暴狠毒，立誓让“兵家秘诀”流传后世，但朝廷上法度森严，明写兵书无异于自寻死路，况且也没有书商胆敢出版印制。
罗贯中心生一计，穷其毕生精力，将神妙无比的“兵家秘诀”分解开来，以明朝开国战例为素材，全部写入《三国志通俗演义》，全书借用三国时期复杂的政治军事斗争为背景，起自黄巾起义，终于西晋统一，书中褒刘贬曹，寄托了罗贯中师徒对仁君的向往，以及对奸雄的切齿痛恨。